Tras la sublevación militar que se produce en Navarra el 19 de julio de 1936, Jesús es buscado insistentemente por los falangistas y requetés de Peralta. Jesús pudo salir de Peralta en la madrugada del 22 de julio, ayudado por la familia Velasco Troyas.

El hecho de que no encontraran a Jesús hizo que la ira se volviese contra sus familiares. Su padre Leocadio, su hermano Santiago y su cuñado Ricardo Zabal, casado con su hermana Matilde, fueron asesinados el 25 de julio; a su hermano Carmelo que tenía tan sólo 14 años se conformaron con darle una paliza cuando fueron a buscar a su padre; a todas las mujeres de su familia, junto a muchas otras familiares de militantes de izquierda, les raparon el pelo y las pasearon así por el pueblo; los hermanos de Julia, su mujer, tuvieron que sufrir todo tipo de vejaciones.

A Jesús lo sacaron del pueblo en una galera cargada de estiércol, por la noche. Era práctica habitual que con el calor del verano, para evitar malos olores durante el día, se sacara el estiércol por la noche. Estas galeras tenían en el fondo una lona fuerte que servía para transportar agua fresca, alimentos, utensilios de trabajo, etc. Ahí metieron a Jesús y al pasar por el puente a la salida del pueblo, la Guardia Civil les echó el alto y repetidamente con las horcas anduvieron pinchando por todo el contenido de la galera. No encontrando nada que les interesase, les dejaron pasar.

Le llevaron hasta Tafalla donde lo escondieron en una casa cercana a la iglesia de Santa María, propiedad de un amigo de derechas al que Jesús había ayudado en una ocasión anterior. Allí permaneció durante todo un año sin salir de un zulo, sentado en una silla en un espacio entre dos paredes en el que ni siquiera podía caminar y al que le pasaban la comida por un agujero practicado en una de las paredes y tapado con un armario. Su familia no tuvo noticias de su paradero durante todo el tiempo que estuvo escondido.

La represión se desató contra su familia. A menudo iban a su casa de Peralta, y le decían a su mujer que lo habían cogido y lo habían matado, que llevaba puesto el jersey rojo que su mujer le había tejido. Este detalle tranquilizaba a Julia, su mujer, ya que ella tenía guardado ese jersey en casa y así sabía que aun seguía vivo. En una de estas «visitas» le quemaron la mayoría de sus libros, entraron también en la tienda de ultramarinos que regentaba su madre llevándose sin pagar cuanto quisieron y quemando el libro en el que muchos de ellos aparecían como deudores.

En agosto raparon el pelo a las mujeres, madres o novias de los militantes de izquierdas del pueblo, entre ellas estaban su madre Petra Campo con 59 años de edad, su esposa Julia Taniñe, su suegra Ruperta Ricarte (59 años) y sus cuñadas: Jesusa y Carmen Campo, y Teodora y María Taniñe.

Más de una vez, un miembro de la Junta de Guerra, que había sido concejal junto a Jesús, tuvo que borrar los nombres de Julia y Teodora Taniñe de la lista de personas que iban a «fusilar». Ante esta situación Julia abandonó Peralta junto a su hijo mayor, José Manuel, con un salvoconducto falso, dejando a sus otros dos hijos Galileo y Octubre al cuidado de los abuelos maternos y trasladándose a San Sebastián donde entró a trabajar en casa de la familia Sánchez.

Mientras tanto, cuando la situación lo permitió, ayudaron a Jesús a cruzar la frontera vistiéndole de cura. Debido a la larga inactividad que había padecido llegó a la frontera con grandes problemas de movilidad, por lo que una vez cruzada ésta, cuando le dijeron que le estaban esperando al fondo de una pendiente, no pudo hacer otra cosa que dejarse caer rodando por ella.

Repuesto su estado de salud, en noviembre de 1937, cruzó a la zona republicana pasando a residir en Barcelona. Esta fecha coincide con la instalación en Barcelona del Gobierno de la República y con el III Congreso de la U.G.T. de Cataluña. En Barcelona ayudó a varios navarros a instalarse y a encontrar trabajo, tal como se lo recordarían medio siglo más tarde cuando una señora, apellidada Barace y natural de Isaba, le telefoneó agradeciéndole cuanto había hecho por ella y su hermana.

Según avanzaba la guerra y se hacía inminente la caída de Cataluña en manos insurgentes, el Gobierno de la República fue movilizando a los diferentes reemplazos para su incorporación al ejército. Así el 14 de septiembre de 1938 se publica en la «Gaceta de la República: Diario Oficial» el decreto del día 12 del mismo mes por el que se moviliza el reemplazo de 1919, al que pertenecía Jesús, para aquellos cuyas profesiones fueran del ramo de la construcción y de la tierra. El 13 de enero de 1939, se movilizará sin excepción a todos los del reemplazo de 1919, según publica la Gaceta de la República al día siguiente. Por una carta manuscrita de Jesús sabemos que se incorporó al Ejército Republicano y que estuvo destinado en Figueres, donde el 1 de Febrero de 1939 se celebró la última sesión de las Cortes de la II República en territorio nacional. A dicha sesión asistieron 62 diputados, y en ellas dio su último discurso el presidente del gobierno, Negrín. Tan sólo una semana más tarde las tropas golpistas entran en Figueres.

Tras la caída de Cataluña en febrero de 1939 el Ejército Republicano cruzó la frontera en dirección a Francia donde fueron desarmados e internados en campos de concentración. Jesús contaba que durante esta travesía conoció al poeta Antonio Machado con el que mantuvo largas conversaciones. Antonio Machado moriría a los pocos dís de cruzar la frontera. Por otra carta se sabe que el 25 de mayo de 1939 Jesús se encontraba en la residencia vasca sita en el número 19 de la calle Victor Hugo en Pezenas (Herault), cerca de Montpelier. En dicha carta, dirigida a José Antonio Agirre Lehendakari del Gobierno Vasco, solicita que sean considerados como ciudadanos vascos los navarros internados en los campos de concentración y reciban ayuda del Gobierno Vasco. El 1 de junio el Lehendakari le contesta: «Para su tranquilidad he de decirle que las órdenes más terminantes han sido dadas, como no podía ser de otra manera, para que todos los nabarros (sic) sin excepción sean conceptuados, como hasta ahora lo han sido, al igual que el resto de los vascos».

En mayo de 1939 las tropas nazis invaden Francia. El S.E.R.E. (Servicio de Evacuación a los Refugiados Españoles) es la organización encargada de sacar de Francia a los exiliados españoles en estas fechas. Amaro de Rosal es el consejero de la U.G.T. en dicho organismo. A él se dirige el 11 de agosto de 1939 para solicitar la inclusión de dos navarros en las listas de evacuados, «si no altera nuestras normas de inmigración». Son Juan Alonso Allo y Máximo Solana Añaños. El 30 de noviembre de ese año, él mismo embarca en Burdeos en el buque Lassalle con dirección a la República Dominicana, donde desembarcará el 19 de diciembre de 1939.

En la República Dominicana, el dictador Trujillo se había comprometido a aceptar hasta 100.000 refugiados procedentes de Francia para mejorar su imagen frente a la opinión pública internacional, luego de la matanza de haitianos en el 1937, desmarcarse de los dictadores fascistas europeos y repoblar la frontera dominico-haitiana con grupos de origen caucásico que se ocuparan de las colonias agrícolas que poseía el estado.

Un numeroso grupo de los inmigrantes procedentes de este buque Lassalle son destinados a la colonia agrícola «Pedro Sánchez», entre ellos va Jesús. Su experiencia en las labores del campo y su capacidad de liderazgo le colocan como director técnico de esta colonia. Solo 14 de los 194 inmigrantes inscritos en la colonia declaran ser agricultores, la mayoría proceden de Cataluña y tienen una marcada tendencia comunista. La colonia «Pedro Sánchez», de entre todas en las que internaron a los refugiados republicanos, será la que más tiempo permanezca activa.

Jesús, enfermo de paludismo desde el verano de 1940, intenta salir de la República Dominicana. Consigue un visado para entrar en Venezuela así como la ayuda «moral y material» de Juan Ignacio Irujo, hermano de Manuel Irujo quien fuera líder nacionalista vasco y ministro de justicia durante la II República. Juan Ignacio, perteneciente al Frente Popular en Pamplona, había entablado gran amistad con Jesús antes de la sublevación militar. Logrado el visado, a principios de 1940, solicita a la J.A.R.E. (Junta de Auxilio a los Republicanos Españoles) le ayude económicamente para comprar el pasaje a Venezuela.

Al mes de hacer esta petición, y sin que haya recibido notificación alguna sobre la misma, las autoridades venezolanas revocan su visado. Jesús no ceja en su empeño, el 5 de julio de 1941 consigue un nuevo visado esta vez para entrar en Cuba. Vuelve a solicitar ayuda a la J.A.R.E. para el pasaje a Cuba, pero sigue sin recibir contestación.

La situación en Santo Domingo, mientras tanto es cada vez más difícil para los refugiados republicanos. El 19 de julio de 1941 el periódico España en Exilio publica un artículo titulado «¡Salvemos a los de Santo Domingo!», en el que denuncian el estado en el que se encuentran allí los exiliados republicanos y exigen la puesta a disposición de los 2.000 refugiados de la isla, de un barco que los traslade a México. Su petición no será atendida ni por el S.E.R.E. ni por la J.A.R.E.

Enfermo y sin visos de poder salir de la isla, abandona la colonia agrícola y se instala en la capital, Ciudad Trujillo (actual Santo Domingo), en casa de un amigo para presionar de cerca a los representantes de la J.A.R.E. en la República
Dominicana. El 24 de septiembre de 1941, sigue sin tener notificación alguna por lo que envía una carta a Amaro del Rosal en la que a título personal le solicita ayuda económica para cubrir los gastos del pasaje a Cuba y de la documentación necesaria, éstos ascienden a $70.

El 17 de octubre de 1941, Jesús sigue en la isla. El periódico «España Popular» publica un artículo titulado «Un numeroso grupo de españoles residentes en Santo Domingo se adhieren a la unidad nacional». En dicho artículo se hace eco de un escrito de apoyo a Negrín como legítimo Jefe del Gobierno Republicano, en el que, entre otras muchas, aparece la firma de Jesús Boneta como Secretario de la UGT de Navarra.

El 18 de noviembre de 1941 se le notifica la decisión de la J.A.R.E., se le niega la ayuda solicitada. El informe firmado por Jaime Roig no deja lugar a dudas: «Su filiación auténtica es P.C. (Partido Comunista) Trabaja en la Colonia Pedro Sánchez y es estimado por los de su partido por ser persona técnica que dirige sus trabajos agrícolas». Tampoco el firmado por Luis Romero Solana: «Tanto en la colonia agrícola como en esta ciudad, sus relaciones y actividades son claramente comunistas. Por esta causa y por la calidad de su visado, no recomendamos su petición».

De alguna forma logró Jesús el dinero necesario para trasladarse a Cuba, él mismo contaba que residió en la isla durante una temporada y que de allí se trasladó a Nueva York donde permaneció hasta su vuelta a Francia.

El 28 de noviembre de 1946, terminada la II Guerra Mundial, se encuentra de nuevo en Francia, esta vez en París. El semanario Euzkadi Roja, órgano del Partido Comunista de Euzkadi en su portada se hace eco de la «Gran Conferencia del Partido Comunista de Euzkadi» que ha tenido lugar en esas fechas. En dicha conferencia la Presidencia Efectiva está compuesta por «Vicente Uribe del Buró Político del P.C. de España, Leandro Carro miembro del C.C. del P.C. de Euzkadi y Consejero del Gobierno Autónomo, Ramón Ormazábal y Teodoro Ibáñez miembros del C.C. del P.C. de Euzkadi, Cristóbal Errandonea, Mariano Bautista, Luis Fernández, Francisco Cuenca y Jesús Boneta, de la Comisión que dirige el P.C. de Euzkadi en Francia.» En esta conferencia, ante la necesidad de reforzar la Dirección del Partido, se resuelve incorporar a los trabajos de dicha Dirección, cooptándolos al Comité Central, a Jesús Boneta junto con Cristóbal Errandonea, Luis Fernández, Mariano Bautista, Francisco Cuenca, Luis Zapirain y Ricardo Castellote.

A lo largo de 1947 publica varios artículos: «Navarra en la lucha contra el franquismo» en el número 27 de la revista Euzkadi Roja, «El campo español bajo el régimen franquista» en la revista de Capacitación Sindical de la U.G.T. en su primer número y «Por qué Navarra se abstuvo en el Referéndum» en el número 56 de la revista Euzkadi Roja. En enero es citado por el recién instalado en Francia Consejo de Navarra para participar en reuniones que se celebrarán mensualmente. En marzo participa como orador en el X Congreso de Obreros Agrícolas Franceses y en agosto preside la primera sesión del III Congreso de la U.G.T. de España en Francia.

Hacia 1950 pudo reunirse con su esposa Julia y su hijo mayor José Manuel en Hendaia por unas horas. Era la segunda vez que veía a su esposa desde su huida y la primera vez que podía estar con su hijo mayor tras más de 10 años de ausencia. Galileo y Octubre, sus otros dos hijos, tuvieron que esperar a que volviera del exilio para poder verlo.

En 1954, ante la ofensiva francesa contra las organizaciones comunistas españolas ubicadas en su territorio y coincidiendo con el V Congreso del Partido Comunista de España a celebrar en Praga (entonces Checoeslovaquia) se instala en esta capital. Pasó también una temporada en el balneario de Karlovy Vary por problemas de salud.

En marzo de 1957, desde el ministerio de marina, un primo de Ana Mari, la señora para la que trabajaba Julia la esposa de Jesús, le indica los trámites que han de realizar para que éste vuelva junto a su familia. Para ello Jesús presenta la solicitud ante la embajada de España en Austria. El embajador le notifica que con fecha 27 de septiembre ha remitido su solicitud al Ministerio de Asuntos Exteriores. Tras esta carta, transcurridos casi dos años y sin haber recibido ninguna contestación oficial, Julia Taniñe presenta el 27 de mayo de 1959 una nueva solicitud ante la Dirección General de Seguridad en Madrid. Esta vez su petición es atendida por las autoridades franquistas que el 15 de junio de 1959 autorizan su vuelta.

Al poco tiempo de volver con los suyos, Jesús hizo una visita a Peralta, su pueblo natal. Al cabo de casi 25 años todavía tuvo que soportar que uno de los vecinos lo denunciase ante la Guardia Civil y tuviese que justificar su presencia en el pueblo. Ante este hecho decidió no volver a pisar Peralta y podemos dar fe de que cumplió su palabra.

Tras la vuelta del exilio estuvo trabajando en una fábrica de ladrillos situada en el barrio donostiarra de Loiola propiedad de la familia Sánchez, para la que trabajaba también su mujer. Al poco tiempo, sin embargo pudo trabajar como jefe de taller en la empresa «Manterola y Cia.» de San Sebastián en la que trabajaba también su hijo José Manuel y en la que se jubiló en 1966.

Una vez en San Sebastián, si bien solía juntarse con antiguos camaradas con los que charlaba y escuchaba las emisoras de radio en la clandestinidad, dejó a un lado la militancia política. Tras la victoria del P.S.O.E. de Felipe González en las elecciones generales de 1982 le telefonearon con la intención de felicitarle por el triunfo socialista. Cogió la llamada su nuera y cuando fue a buscarlo no quiso ponerse al teléfono diciendo: «No tienen por qué felicitarme, estos socialistas no son los míos».

En los últimos años fue perdiendo la memoria y el sentido de la realidad. Viendo una película en la televisión, se asustaba al ver soldados, pensando que iban buscándole. Su mente le jugaba malas pasadas haciéndole recordar los momentos en los que tuvo que andar escapando de un lugar a otro. En otra ocasión, estando su nuera limpiando su habitación, decía: «Cuánto trabaja esta señora, ¿ya le pagan a usted?». Al contestarle la nuera que no, que lo hacía porque era su suegro le decía: «¡Un pleno!, ¡Hay que convocar un pleno en el Ayuntamiento para poner un jornal a esta señora!». Fue fiel a sus ideas y acciones hasta el final.

Falleció en Donostia-San Sebastián el 28 de julio de 1989 a los 88 años de edad. Sus restos reposan en el cementerio de esta ciudad, no muy lejos de donde vivió durante sus últimos años en la capital guipuzcoana.